Ο Πρόεδρος της Δημοκρατίας Κάρολος Παπούλιας σε μήνυμά του αναφέρει: «Ο Μιχάλης Παπαγιαννάκης υπήρξε τολμηρός στοχαστής και μαχητής ιδεών. Ανοιξε δρόμο ιδεολογικής και αγωνιστικής συνέπειας, πολιτικού ήθους, κοινωνικής συμμετοχής, διεκδίκησης και προσφοράς. Ο Μιχάλης Παπαγιαννάκης, γνήσιος μαχητής της Αριστεράς, πάλεψε με θάρρος και ψυχή για προσωπικά και συλλογικά οράματα, αλλά και για τις ακλόνητες αξίες της Δικαιοσύνης, της Αλληλεγγύης και της Αξιοπρέπειας. Η απώλειά του είναι μεγάλη για όλους όσοι πίστεψαν και πιστεύουν ότι ο αγώνας για την δημοκρατία και ένα καλύτερο μέλλον είναι διαρκής. Στους οικείους του εκφράζω τη βαθύτατη θλίψη μου».
Η δήλωση του Πρωθυπουργού Κώστα Καραμανλή: «Ο Μιχάλης Παπαγιαννάκης αγωνίστηκε σε όλη του τη ζωή με μαχητικό πνεύμα, αλλά και νηφαλιότητα για τις ιδέες και τα οράματά του: Για τη Δημοκρατία, την ευρωπαϊκή Αριστερά της ριζοσπαστικότητας και της ανανέωσης, την ειρήνη και τη διεθνή συνεργασία. Στους συντρόφους του στον ΣΥΡΙΖΑ και στους οικείους του εκφράζω τα ειλικρινή μου συλλυπητήρια».
Ο Πρόεδρος του ΠΑΣΟΚ Γιώργος Παπανδρέου, μόλις πληροφορήθηκε τον θάνατο του Μιχάλη Παπαγιαννάκη, έκανε την ακόλουθη δήλωση: «Είναι μια μεγάλη απώλεια ενός καλού φίλου. Ενός πολιτικού με ήθος. Ενός ενεργού πολίτη, που πάλεψε για την πρόοδο και στην Ελλάδα και στην Ευρώπη. Τα θερμά μου συλλυπητήρια στην οικογένειά του».
Ο Πρόεδρος της Βουλής Δημήτρης Σιούφας έκανε την ακόλουθη δήλωση: «Η Βουλή των Ελλήνων και η ελληνική πολιτική ζωή έχασαν σήμερα ένα σημαντικό πολιτικό και έναν εξαίρετο άνθρωπο. Ο Μιχάλης Παπαγιαννάκης υπηρέτησε με γνώση, δύναμη, θάρρος και αποτελεσματικότητα την Ελλάδα, την Ευρώπη, τη δημοκρατία, τις ιδέες του και τον πολιτικό του χώρο. Διακρίθηκε στο Ελληνικό και το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο για τις πολιτικές και ανθρώπινες αρετές του. Πίστευε στη δύναμη της λογικής πειθούς και στην επιστημονική προσέγγιση των προβλημάτων. Η ηπιότητα του χαρακτήρα του ήταν από τις ισχυρότερες αρετές του. Ενέπνεε πάντα εμπιστοσύνη, σεβασμό και πειθώ. Κυριαρχούσε έτσι συχνά στην πολιτική συζήτηση χωρίς να προσπαθεί ποτέ να επιβληθεί. Η Ελλάδα και η Ευρώπη χάνουν έναν σημαντικό εργάτη της οικοδόμησης ενός καλύτερου, πιο ανθρώπινου αύριο».
Ιωάννης Πρελορέντζος τ. εκπρόσωπος Τύπου της Κ.Ο. του Ε.Λ.Κ. στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, τ. Διευθυντής Γραφείου Τύπου ευρωβουλευτών Νέας Δημοκρατίας:Το μήνυμα που εστάλει είναι: Θα ήθελα, μέσω της ιστοσελίδας σας, να εκφράσω τα πιο θερμά συλλυπητήριά μου για τη μεγάλη αυτή απώλεια, όχι μόνο για τον ΣΥΡΙΖΑ, αλλά και ευρύτερα για όλους εκείνους που, όπως εγώ προσωπικά, γνώριζαν και εκτιμούσαν βαθύτατα τον Μιχάλη Παπαγιαννάκη. Ο Μιχάλης ήταν και θα παραμείνει ένας μεγάλος "Ευρωπαίος". Αλλά, πρώτα απ΄ όλα, ήταν ένας γνήσιος ΄Ελληνας, ένας γνήσιος άνθρωπος με όλη τη σημασία της λέξης αυτής. Τα λόγια περιττά. Η μνήμη αιώνια. Μιχάλη, άφησες ένα μεγάλο κενό.